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論文ID
原名:Non-coding RNA in bladder cancer
譯名:膀胱癌中的非編碼RNA
期刊:Cancer Letters
IF:6.508
發(fā)表時間:2020.5線上發(fā)表
通訊作者:王國慶&李翀
通訊作者單位:吉林大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院&中國科學(xué)院生物物理研究所
DOI號:10.1016/j.canlet.2020.04.023
背景介紹
膀胱癌是全球第十大常見癌癥,其發(fā)病率和死亡率高。膀胱癌主要分為兩類:非肌層浸潤性和肌層浸潤性。非肌層浸潤性膀胱癌占75%以上,指癌細(xì)胞浸潤到膀胱粘膜和粘膜下層。而當(dāng)膀胱癌細(xì)胞侵犯到肌層被認(rèn)為是肌層浸潤性膀胱癌。目前,膀胱鏡檢查是其診斷的金標(biāo)準(zhǔn)。然而,該檢查為高度侵入性,并且由于原位癌難以檢測而偶爾會出現(xiàn)假陰性結(jié)果。因此,多重篩查,如上尿路放射成像和計算機斷層掃描,對于膀胱癌的診斷仍是必不可少的。盡管膀胱癌的治療方法很多,比如手術(shù)、化療和放療,但患者的預(yù)后和臨床反應(yīng)各不相同。
研究學(xué)者們對控制膀胱癌發(fā)病機理的遺傳全景(genetic landscape,指遺傳突變和表觀遺傳修飾)的興趣日益濃厚。膀胱癌的全基因組測序揭示了TP53(一種主要抑癌基因)和CDKN1A(細(xì)胞周期調(diào)節(jié)劑,引起膀胱癌細(xì)胞分裂失控)的遺傳消融。這兩個突變基因相互關(guān)聯(lián),均與膀胱癌的發(fā)生和發(fā)展有關(guān)。此外,癌癥基因組圖譜計劃(TCGA)的大量RNA測序,報道了非編碼RNA(ncRNA),特別是microRNA(miRNA)的表觀遺傳調(diào)控在膀胱癌進(jìn)展中的作用。遺傳和表觀遺傳調(diào)控均強調(diào)了深入剖析癌癥生物標(biāo)志物對改善膀胱癌診斷和預(yù)后的重要性。
在這篇綜述中,作者描述了ncRNA與膀胱癌發(fā)病機制的相關(guān)性;總結(jié)了ncRNA,特別是miRNA和lncRNA的表達(dá)調(diào)控及其在促進(jìn)或抑制膀胱癌腫瘤生長和發(fā)展中的作用。此外,作者討論了ncRNA表達(dá)譜作為膀胱癌診斷和治療基礎(chǔ)的潛力。這些發(fā)現(xiàn)將有助于展現(xiàn)利用ncRNA防治膀胱癌的可能性。
主要內(nèi)容
1 非編碼RNA(ncRNA)
隨著高通量基因組測序和陣列測序分析的技術(shù)發(fā)展,約90%的人類基因組已被轉(zhuǎn)錄分析。盡管轉(zhuǎn)錄基因組可以編碼約20,000個蛋白質(zhì),但這僅占整個基因組2%;即,不是所有的RNA被翻譯成功能蛋白。更多證據(jù)表明,這些不編碼蛋白質(zhì)的RNA(即非編碼RNA,ncRNA)是基因表達(dá)調(diào)控的關(guān)鍵因素,并參與許多人類疾病的進(jìn)展。例如,ncRNA調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄后基因沉默,從而導(dǎo)致mRNA降解和蛋白質(zhì)翻譯失敗。此外,ncRNA通過引導(dǎo)異染色質(zhì)形成,從而重塑染色質(zhì)結(jié)構(gòu)。 ncRNA還參與了順式和反式基因調(diào)控,從而增強或抑制基因表達(dá)。因此,ncRNA在調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖、分化、再生和凋亡中將是至關(guān)重要的,并有助于維持體內(nèi)穩(wěn)態(tài)。
ncRNA按其長度分為兩種類型:小ncRNA和長ncRNA(即lncRNA);小ncRNA包括核糖體RNA(rRNA),轉(zhuǎn)移RNA(tRNA),microRNA(miRNA)和與piwi蛋白相互作用的RNA(piRNA),小ncRNA的核苷酸少于50個,但在基因表達(dá)中起重要的調(diào)節(jié)作用。除了充當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)翻譯調(diào)節(jié)劑的rRNA和tRNA外,miRNA被證實在調(diào)節(jié)人類疾病進(jìn)展,尤其是癌癥進(jìn)展中發(fā)揮關(guān)鍵作用。miRNA失調(diào)(過度表達(dá)或低表達(dá))將通過影響復(fù)雜的分子信號網(wǎng)絡(luò),最終導(dǎo)致癌變。與小ncRNA相比,lncRNA片段具有更長的序列,通常包含超過200個核苷酸。lncRNA具有與miRNA類似的功能,可以調(diào)節(jié)基因表達(dá),如蛋白質(zhì)翻譯和轉(zhuǎn)錄后沉默。另外,lncRNA通過組蛋白修飾或干擾miRNA調(diào)控來抑制順式和反式基因翻譯。CircRNA也是一種ncRNA,但其結(jié)構(gòu)不同于線性mRNA。circRNA具有多種類型和復(fù)雜的功能,尚未得到充分研究。
與傳統(tǒng)的小分子藥物相比,ncRNA具有不同的特點和優(yōu)勢,將可能作為極有前景的治療方案。ncRNA分子量在數(shù)千道爾頓左右,包含許多氫鍵供體和受體,帶有多個負(fù)電荷,具有良好的組織相容性。由于其分子量小,因此與大分子抗體藥物相比,ncRNA將更容易穿透組織屏障并到達(dá)腫瘤細(xì)胞內(nèi)部。因此,ncRNA作為新型治療靶點,將具有顯著優(yōu)勢。
圖1 腫瘤RNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
2 miRNA與膀胱癌
miRNA于1993年被首次鑒定發(fā)現(xiàn),為具有約22個核苷酸的單鏈ncRNA;通過在轉(zhuǎn)錄后水平上調(diào)節(jié)基因表達(dá),而調(diào)控細(xì)胞生長、增殖、分化和凋亡。由雙鏈RNA特異性核酸酶RNASE Ⅲ-Rosha和雙鏈RNA結(jié)合蛋白DGCR8組成的微處理器(microprocessor)復(fù)合體將pri-miRNA轉(zhuǎn)化為pre-miRNA,而最終形成了miRNA。Pre-miRNA由轉(zhuǎn)運蛋白XPO5轉(zhuǎn)運后,被核酸酶DICER切割為成熟miRNA,miRNA將整合到RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體(RISC)中。當(dāng)miRNA與目標(biāo)基因mRNA的3'UTR區(qū)互補時,RISC將抑制蛋白質(zhì)翻譯,并且mRNA也將被核酸內(nèi)切酶降解。這些過程表明了miRNA在調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄后基因沉默中的主要作用。
從miRNA定位于與癌癥相關(guān)的基因組區(qū)域起,它便開始其在多種類型的癌癥發(fā)生、發(fā)展和轉(zhuǎn)移中的基本作用。miRNA在癌癥調(diào)節(jié)中既具有促癌作用,又具有抑癌作用。比如,miR-155是一種具有雙重作用的miRNA之一。Kong等人發(fā)現(xiàn)了在體內(nèi)乳腺癌模型中,miR-155的過表達(dá)促進(jìn)腫瘤轉(zhuǎn)移并加強血管生成。此外,B細(xì)胞淋巴瘤中miR-155的過表達(dá)刺激腫瘤細(xì)胞增殖失控和誘導(dǎo)其產(chǎn)生抗凋亡效應(yīng)。盡管miR-155具有強致癌效應(yīng),但Levati等人的研究也證實了miR-155表達(dá)可誘導(dǎo)黑色素瘤的抗增殖作用。此外,miR-155基因敲入能夠抑制胃癌細(xì)胞遷移和侵襲能力。這表明miRNA調(diào)控腫瘤發(fā)生具有明顯的腫瘤和組織特異性。綜上所述,在癌癥發(fā)展過程中,探索miRNA的復(fù)雜生物學(xué)作用將勢在必行,這對靶向miRNA在未來治療和診斷中的應(yīng)用開發(fā)至關(guān)重要。
在膀胱癌中,二代測序和生物信息學(xué)分析確定了許多參與調(diào)控膀胱癌發(fā)展的miRNA。2011年,Zhu等人通過高通量測序鑒定了膀胱癌中226種差異表達(dá)的miRNA;其中,182個miRNA上調(diào)而44個miRNA下調(diào)。Gottardo等人進(jìn)行了臨床患者樣本miRNA篩選,并發(fā)現(xiàn)與膀胱正常粘膜相比,膀胱癌患者會出現(xiàn)miRNA表達(dá)失調(diào)。如下表1,舉例說明了膀胱癌中差異表達(dá)的miRNA及其靶基因。
表1 膀胱癌中差異表達(dá)的miRNA及其靶基因
目前,已有多項研究闡明了miRNA在調(diào)節(jié)膀胱癌增殖、轉(zhuǎn)移、凋亡和耐藥性發(fā)展中的作用。Liu等人證實了miR-221在膀胱癌中的致癌作用。siRNA敲低miRNA表達(dá)和miR-221抑制能夠抑制膀胱癌細(xì)胞增殖和促進(jìn)凋亡,其分子機制與其阻斷促癌JAK-STAT3信號通路有關(guān)。此外,過表達(dá)的miR-221可能通過負(fù)調(diào)控caspase 8/3途徑而發(fā)揮抗膀胱癌細(xì)胞凋亡作用。作為腫瘤抑制因子,miR-129在膀胱癌中低表達(dá)。miR-129的表達(dá)恢復(fù)將通過靶向癌基因GALNT1和SOX4引發(fā)抗腫瘤反應(yīng)。相反,miR-129-5p的過表達(dá)通過促進(jìn)Wnt5a信號通路而賦予膀胱癌細(xì)胞耐藥性。抑癌因子miR-145和miR-133a能夠通過減少上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)換(EMT)相關(guān)靶基因FSCN1的表達(dá),逆轉(zhuǎn)了膀胱癌細(xì)胞的EMT進(jìn)展并減少腫瘤轉(zhuǎn)移。下調(diào)miR-200b證實其可發(fā)揮調(diào)控膀胱癌轉(zhuǎn)移的作用;相關(guān)機制表現(xiàn)為下調(diào)miR-200b,促進(jìn)MMP-16表達(dá),繼而誘導(dǎo)EMT過程。miRNA家族的以上調(diào)節(jié)作用及其機制能夠解釋其對膀胱癌的促進(jìn)和抑制作用。綜上所述,靶向miRNA,改變miRNA表達(dá)水平可能是對抗膀胱癌的潛在治療策略。
miRNA的差異表達(dá)與膀胱癌的復(fù)雜性和異質(zhì)性密切相關(guān)。為了發(fā)現(xiàn)更有效和更高特異性的診斷工具,研究人員分析了miRNA的表達(dá)譜,從而了解膀胱癌進(jìn)展中的不同類型、階段和分級。2009年,Catto等人使用miRNA qPCR篩選,比較了不同分級的膀胱癌中的miRNA表達(dá)。與低度惡性腫瘤(非肌層浸潤性)相比,高度惡性腫瘤(肌層浸潤性)的miR-21表達(dá)明顯升高;miR-21與腫瘤抑制性p53途徑的阻斷高度相關(guān)。然而,在膀胱癌中,低度惡性腫瘤表現(xiàn)出靶向FGFR3通路的miR-99a和miR-100表達(dá)下調(diào)。同樣,高度尿路上皮膀胱癌表現(xiàn)出miR-126:miR-152比率升高,這可能成為患者篩查的潛在預(yù)后標(biāo)志物。由于miRNA表達(dá)的組織特異性,Veerla等人總結(jié)了基于膀胱癌病理亞型的miRNA表達(dá)譜。T2-T4級膀胱癌(肌層浸潤)高表達(dá)miR-222和miR-125b。而非肌層浸潤性的T a級腫瘤表現(xiàn)出高miR-10a表達(dá)。Dyrskj?t等人研究不同miRNA的組合表達(dá),以更好地預(yù)測臨床患者的疾病進(jìn)展。 miR-133b和miR-518c以及miR-133b和miR129的高表達(dá)預(yù)示著膀胱癌患者的低生存率。有了這些結(jié)果,基于病理實體的靶向miRNA的精密藥物將來可能成為治療膀胱癌的有力解決方案[17]。這些研究提供了基于膀胱癌病理生物學(xué)的差異miRNA譜。基于以上結(jié)果,基于病理實體的miRNA精準(zhǔn)靶向藥物可以成為未來治療膀胱癌的有效策略。
3 LncRNA與膀胱癌
多項研究強調(diào)了lncRNA在膀胱癌發(fā)病機制中的作用。這些lncRNA在膀胱癌的發(fā)生、增殖和轉(zhuǎn)移過程中表達(dá)下調(diào)或上調(diào)。因此,有必要闡明lncRNA的生物學(xué)作用及其對癌癥發(fā)展的影響。設(shè)計與lncRNA有關(guān)的新型膀胱癌診斷靶點展現(xiàn)出廣闊的前景,這是因為與通常的診斷方法膀胱鏡檢查相比,lncRNAs檢測的侵入性較小,能夠更快地檢測出膀胱癌?;诖耍?/span>作者討論了一些與膀胱癌發(fā)展和轉(zhuǎn)移密切相關(guān)的lncRNA,從而幫助理解其臨床應(yīng)用前景(圖1)。
圖3與膀胱癌密切相關(guān)的LncRNA A:與腫瘤細(xì)胞存活和生長相關(guān)的lncRNA; B:與EMT過程相關(guān)的lncRNA;C:與Warburg效應(yīng)相關(guān)的lncRNA;D:與腫瘤細(xì)胞凋亡相關(guān)的lncRNA。
3.1 尿路上皮癌胚抗原1(UCA1,Urothelial cancer associated 1)
UCA1位于19p13.12染色體,其表達(dá)高度體現(xiàn)在心臟、子宮和膀胱的胚胎發(fā)育過程中。然而,UCA1表達(dá)在正常的成人組織及細(xì)胞中是沉默的。UCA1在腫瘤發(fā)生中的作用通過膀胱癌相關(guān)研究得到了充分證明。這種UCA1的異位表達(dá)將影響膀胱癌細(xì)胞的增殖,并導(dǎo)致腫瘤細(xì)胞分裂失控,獲得侵襲能力,提示UCA1作為致癌因子在膀胱癌發(fā)生中發(fā)揮重要作用。此外,UCA1的表達(dá)上調(diào)可以抗癌細(xì)胞凋亡并誘導(dǎo)其化學(xué)耐藥性。因此,UCA-1是膀胱癌診斷和預(yù)后的潛在生物標(biāo)志物[54],也將成為理想的治療靶標(biāo)。
3.2同源盒基因轉(zhuǎn)錄反義RNA(HOTAIR,Homeobox transcript antisense RNA)
HOTAIR是首個被發(fā)現(xiàn)具有反式作用的lncRNA。HOTAIR基因位于人類染色體12q13.13上,在HOXC簇中的HOXC11和HOX12之間。從機制上講,HOTAIR募集了多梳抑制復(fù)合物2(PRC2),并通過組蛋白的三甲基化使HOX基因家族表達(dá)沉默。作為形態(tài)發(fā)生和器官形成的關(guān)鍵因素,HOX基因家族的抑制與腫瘤的進(jìn)展相關(guān)。
大量研究表明,HOTAIR過度表達(dá)是人類惡性腫瘤發(fā)生,尤其是膀胱癌、肺癌、乳腺癌和結(jié)腸癌發(fā)生的重要元兇。RNA測序分析表明,HOTAIR高表達(dá)與尿路上皮膀胱癌的預(yù)后密切相關(guān)。同樣,體外敲低HOTAIR能夠降低癌細(xì)胞侵襲性并抑制EMT標(biāo)志物表達(dá),證實了HOTAIR在調(diào)節(jié)腫瘤進(jìn)展和轉(zhuǎn)移中的重要性。另外,HOTAIR能夠調(diào)節(jié)由抑癌因子和促癌因子組成的復(fù)雜的信號網(wǎng)絡(luò)。例如,HOTAIR抑制了抑癌基因p53和磷酸酶-張力蛋白同源物(PTEN),從而促進(jìn)癌癥發(fā)展。相反,HOTAIR表達(dá)與細(xì)胞增殖信號——Wnt /β-catenin通路、PI3K/AKT和TGF-β通路的激活呈正相關(guān)。綜上所述,HOTAIR將成為診斷和治療膀胱癌的潛在候選分子。
3.3 母本印跡表達(dá)基因3(MEG3,Maternally expressed gene 3)
MEG3是位于染色體14q32.3上的母本印跡lncRNA。作為小鼠基因捕獲基因座2(gene-trap locus 2, Gtl2)的人類同源物,MEG3在正常人類組織中大量表達(dá),并在癌癥細(xì)胞中發(fā)揮抑癌作用。然而,由于MEG3啟動子序列的高度甲基化,MEG3表達(dá)在癌細(xì)胞中嚴(yán)重下調(diào)。該啟動子序列,特別是cAMP反應(yīng)元件(CRE),富含高CpG島。因此,由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶1(DNMT1)調(diào)控的高甲基化破壞了CRE結(jié)合元件(CREB)與CRE的結(jié)合,并隨后抑制了MEG3的表達(dá)。
作為腫瘤抑制因子,MEG3與EZH2有共同的靶基因。它們共同調(diào)控與生長和發(fā)育相關(guān)的TGF-β信號通路。此外,p53的激活也調(diào)節(jié)了MEG3的活性,并抑制腫瘤進(jìn)展。Ying等人利用組織表達(dá)分析發(fā)現(xiàn),與正常組織相比,膀胱癌組織中的MEG3表達(dá)顯著降低。進(jìn)一步的RNA干擾研究表明,MEG3體外表達(dá)缺失能夠誘導(dǎo)自噬并抑制細(xì)胞凋亡。此外,低MEG3表達(dá)可刺激癌細(xì)胞增殖和細(xì)胞分裂失控。以上發(fā)現(xiàn)強調(diào)了MEG3發(fā)揮腫瘤抑制作用對于膀胱癌治療的重要性。
3.4 長非編碼RNA 19(H19)
H19是在哺乳動物基因組中發(fā)現(xiàn)的首批ncRNA之一。H19位于染色體11p15.5處,約2.3 kb,在人類胚胎和胎兒組織發(fā)育過程中高度表達(dá),但在成年人組織或細(xì)胞中很少表達(dá)。然而,H19可以在組織再生和腫瘤發(fā)生期間被重新激活。據(jù)報道,在癌癥環(huán)境中,H19具有雙向調(diào)節(jié)作用,能夠在癌癥發(fā)展中發(fā)揮促進(jìn)和抑制作用。研究表明,H19在膀胱癌、乳腺癌、結(jié)腸癌和肺癌等多種腫瘤中呈現(xiàn)高表達(dá)。
從致癌角度出發(fā),H19通過正調(diào)節(jié)ID2,而促進(jìn)膀胱癌細(xì)胞增殖。隨之出現(xiàn)的ID2上調(diào)減弱了視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤蛋白(Rb)對E2F1的抑制作用,從而刺激癌細(xì)胞從G1期向S期細(xì)胞周期轉(zhuǎn)換。H19過表達(dá)還與膀胱癌轉(zhuǎn)移密切相關(guān)。體外研究表明,H19過表達(dá)通過與EZH2的相互作用促進(jìn)膀胱癌細(xì)胞遷移。這種相互作用激活了Wnt /β-catenin信號通路,抑制了E-cadherin,因此促進(jìn)了EMT過程。因此,H19可以作為膀胱癌早期復(fù)發(fā)的預(yù)測指標(biāo)。
然而,也有研究證據(jù)表明H19具有抑癌作用。在移植瘤模型中,敲低H19增加了大腸癌息肉的數(shù)目大小。同樣,缺乏H19表達(dá)的肝癌小鼠模型,腫瘤進(jìn)展更快。目前,H19在腫瘤促進(jìn)和抑制作用中的差異可以通過lncRNA本身的雙向性質(zhì)來解釋。但是,仍有必要深入闡明H19在癌癥中的功能作用。
3.5生長停滯特異性轉(zhuǎn)錄因子5(GAS5,Growth arrest specific 5)
GAS5能夠調(diào)控細(xì)胞增殖和細(xì)胞周期,調(diào)節(jié)胚胎發(fā)育和腫瘤發(fā)生。在營養(yǎng)剝奪期間,GAS5通過調(diào)節(jié)糖皮質(zhì)激素受體(GR)活性來抑制細(xì)胞生長并促進(jìn)細(xì)胞凋亡。 Kino等人研究證明GAS5與DNA結(jié)合糖皮質(zhì)激素受體元件(GRE)競爭性結(jié)合GR。因此,GAS5與GR的結(jié)合會抑制細(xì)胞增殖和存活。
大量研究表明,GAS5在非小細(xì)胞肺癌、腎癌、胰腺癌和膀胱癌的腫瘤發(fā)生過程中下調(diào)。非小細(xì)胞肺癌患者lncRNA篩選表明GAS5顯著下調(diào)。隨后,功能獲得研究顯示,GAS5過表達(dá)通過恢復(fù)抑癌因子PTEN和miR-205表達(dá),而抑制肺癌細(xì)胞的增殖和侵襲能力。在膀胱癌中,Liu等人證明了GAS5誘導(dǎo)癌細(xì)胞增殖和凋亡。此外,功能獲得/缺失實驗表明,GAS5負(fù)調(diào)節(jié)CDK6活性,從而抑制膀胱癌細(xì)胞增殖。因此,GAS5的抑癌作用可能成為治療膀胱癌的潛在治療靶標(biāo)。
3.6轉(zhuǎn)移相關(guān)的肺腺癌轉(zhuǎn)錄本1(MALAT1,Metastasis-associated lung adenocarcinoma transcript 1)
MALAT1首先被確定為肺癌的預(yù)后標(biāo)志物,但是更多研究也顯示其與肝癌、胰腺癌、膀胱癌和前列腺癌等其他癌癥密切相關(guān)。MALAT1的過表達(dá)促進(jìn)膀胱癌細(xì)胞增殖失控、促進(jìn)膀胱癌細(xì)胞遷移和克隆性。進(jìn)一步敲低MALAT1能夠通過下調(diào)EMT相關(guān)基因(如ZEB1和ZEB2),下調(diào)Wnt信號通路和上調(diào)E-cadherin,從而抑制膀胱癌細(xì)胞遷移。以上發(fā)現(xiàn)表明,MALAT1在癌癥轉(zhuǎn)移中起著至關(guān)重要的作用。此外,與局部膀胱癌相比,臨床患者樣本篩查表明在浸潤性和轉(zhuǎn)移性癌癥中,MALAT1表達(dá)更高。此外,與低度惡性腫瘤患者相比,高度膀胱癌患者表現(xiàn)出更高的MALAT1表達(dá)。這些結(jié)果表明,MALAT1將成為膀胱癌診斷和預(yù)后的潛在生物標(biāo)志物。
并且,MALAT1也可以作為膀胱癌的潛在治療靶標(biāo)。天然多酚類物質(zhì)白藜蘆醇能夠負(fù)調(diào)控結(jié)腸癌細(xì)胞中的MALAT1表達(dá),并抑制Wnt /β-catenin信號通路;或者,通過下調(diào)EMT抑制癌細(xì)胞轉(zhuǎn)移和侵襲;提示白藜蘆醇在預(yù)防膀胱癌轉(zhuǎn)移中的治療潛力。
3.7線粒體lncRNA
4 circRNA與膀胱癌
表2 膀胱癌中表達(dá)差異的circRNA及其靶基因。
結(jié)論與展望
目前,關(guān)于ncRNA在腫瘤發(fā)展中的作用及其臨床意義的相關(guān)研究仍方興未艾。許多研究已經(jīng)證明ncRNA在膀胱癌中發(fā)揮促進(jìn)腫瘤發(fā)生、調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)移和腫瘤進(jìn)展以及促進(jìn)耐藥性的作用。 隨著基因組測序技術(shù)和檢測技術(shù)的開發(fā)及發(fā)展,ncRNA在膀胱癌中的病理生理學(xué)將得到更深入的闡明,這將對今后膀胱癌的診斷和治療具有重要意義。
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