九色国产,午夜在线视频,新黄色网址,九九色综合,天天做夜夜做久久做狠狠,天天躁夜夜躁狠狠躁2021a,久久不卡一区二区三区

開展農(nóng)學(xué)方面研究，我們常常手上會有許多材料。對于做基因功能研究的朋友，最關(guān)心的并不是基因組如何如何，或者其他數(shù)據(jù)大小多大多大，演化路徑如何如何；相反，大家最關(guān)心的是，我關(guān)注的這個基因到底序列是什么？尤其關(guān)注的材料時常為高雜合（2個n的序列有很大不同），或者多倍體。于是一個很現(xiàn)實(shí)的問題就是，我們關(guān)注的基因調(diào)控功能是，可能存在劑量效應(yīng)。比如AA是高抗，Aa是弱抗，aa是感病。那么A的序列是什么，a的序列又是什么。這是一個有趣的問題。
盡管我們時常提到可能是一個SNP引起了一個功能變化，但或許是一個indel，更或許應(yīng)該是跟這個SNP緊密連鎖的一系列SNP引起。確定一段序列，往往會比確定一個SNP，在實(shí)驗(yàn)起始課題設(shè)計(jì)階段更為關(guān)鍵和實(shí)用。當(dāng)然，對于后續(xù)數(shù)據(jù)分析，亦是如此。
于是，我們需要這個功能。目前可用軟件有一些，不過「真正能讓幾乎所有人都能簡單用上的軟件」幾乎沒有。需要有這個功能，所以我做了這個功能。同樣，通過 TBtools 插件模式實(shí)現(xiàn)，大伙可按需安裝。整體覆蓋三個插件（邏輯上對于不少人直接可以進(jìn)行第三步，因?yàn)榍皟刹焦究赡芙o你做完了）：

1. 序列比對到參考基因組

2. 變異檢測（如有可跳過）

3. 局部單倍型序列提取

文件說明

整體上，我們需要的是兩個數(shù)據(jù)：

1. 參考基因組序列（一般是某個物種的某個參考基因組，往往是一個嵌合單倍型材料）

2. 目標(biāo)材料的重測序數(shù)據(jù)（最好是每個單倍型測序深度>10X，如一個單倍型大小為100Mb，如果是二倍體則需要測2G數(shù)據(jù)；如果是三倍體則需要測3G數(shù)據(jù)；如果是6倍體則需要測6G數(shù)據(jù)）。

序列比對到參考基因組

操作簡單，直接使用前述推出的 BWA-MEM2 GUI Wraper 即可。按照界面提示，

1. 設(shè)置參考基因組序列

2. 設(shè)置重測序數(shù)據(jù)

3. 設(shè)置線程數(shù)

4. 設(shè)置輸出文件夾路徑

等待即可，邏輯上速度很快（然而還是跑了3個小時，畢竟只用了臺式機(jī)的 4 個線程，其實(shí)很快了，如果主頻OK，跑到12個線程，那就只需要大概1個小時...）。
運(yùn)行結(jié)束會出現(xiàn)一個 .bam 文件

變異檢測（如有可以跳過）

要獲取一個區(qū)間的兩個單倍型，主要原理是通過單倍型內(nèi)部緊密連鎖的SNP/Indel來區(qū)分，所以我們需要獲得高質(zhì)量的可行的變異結(jié)果。如果已有VCF，可以跳過這一步。
如無，首先是對 reads 進(jìn)行排序，使用 SAMTOOLS GUI Wrapper 插件即可。

隨后是標(biāo)記重復(fù)，同樣使用 SAMTOOLS GUI Wrapper 插件即可。

邏輯上，只有比對是比較耗時的，剩下的都是幾分鐘完事。
重復(fù)標(biāo)記（或含去除）結(jié)束，即可開始 call SNP。

邏輯上，這一步速度也不是非常快，因?yàn)?freebayes 是單線程運(yùn)行。從某個角度來說，我們可以后續(xù)優(yōu)化，只call 目標(biāo)區(qū)間的 SNP，這樣就省時省事（事實(shí)上，我也不是為了寫這些插件來折騰這些功能，TBtools絕大多數(shù)功能，只是副產(chǎn)品或者中間結(jié)果....盡管這并不影響這個功能真的有用）。

局部單倍型序列提取

一切準(zhǔn)備就緒，假定我們有個目標(biāo)區(qū)間

準(zhǔn)備區(qū)間信息列表

隨后開始

PS: 發(fā)現(xiàn)使用 ploidy 2 沒有輸出結(jié)果，認(rèn)為是測序深度不夠。直接按照ranbow開發(fā)目標(biāo)，為 6 倍體，設(shè)置為 6 效果不錯。

提取其中某個區(qū)域的兩個單倍型序列，BLAT到基因組上，另外也對兩個序列進(jìn)行雙序列比對。

整體感覺效果佳?。?！Indels 和 SNP 的連鎖信息似乎都正常被串聯(lián)起來了，感覺效果不錯。

寫在最后

Emmm.... 怎么說這個功能？感覺還行。實(shí)際上，這個功能我一直想做，就是沒有合適的工具。同時，也在早前上研究生課的時候，有個學(xué)生問到，比如他有幾百份材料的重測序，想要針對某個區(qū)間獲得單倍型序列....其實(shí)這事不是不能干，就是不好干。當(dāng)然現(xiàn)在可以干了。
回到主題，我最關(guān)注的，還是如何讓幾乎所有有需求的都能自己搞定一些數(shù)據(jù)分析工作，于是很多軟件功能流程，想在windows、macos下都支持，其實(shí)比較麻煩，尤其是windows下。五一假期，花在這上面還是有一些時間。
回到工作單位，想想這個事情還是要有個中間結(jié)果，看看效果。我目前大體感覺是這樣，整體效果沒有達(dá)到我的預(yù)期，因?yàn)槲移谕氖钦麄€區(qū)間直接能組裝成2個單倍型序列，但目前沒有。邏輯上，這個跟測序深度有關(guān)系。另外，可能調(diào)用的這個軟件的實(shí)際功能可能還不夠完善（比如ploidy 6 可以出 ploidy 2 的結(jié)果，為什么ploidy 2 則不行？與好友馮董聊了下，其提到了我另一個好基友kang弟弟老板的工作，或許我更應(yīng)該去嘗試那個工作？具體不太清楚為何沒有做這個事情，是一些考慮？還是測序深度要求高？還是其他，我想我肯定會試試，只是不是最近。
無論如何，我覺得目前這個功能不錯，有需要的朋友可以玩玩。