最早重視內(nèi)傷雜病的是易水學(xué)派創(chuàng)始人張?jiān)?。有感于雜病辨治體系的薄弱以及借用外感方法辨治雜病易成誤治，張?jiān)靥岢耘K腑經(jīng)絡(luò)辨證來(lái)論治各種雜病。至其弟子李東垣則正式提出了“內(nèi)傷”病因的理論。李杲總結(jié)了多年臨床經(jīng)驗(yàn)后認(rèn)為，動(dòng)蕩不安的社會(huì)所造成的饑飽失常、勞役過(guò)度、寒溫失調(diào)，喜怒過(guò)度等是造成內(nèi)傷疾病的主要因素，其中精神因素又常起先導(dǎo)作用。這些因素往往交織在一起，導(dǎo)致脾胃受損，使人元?dú)夂膫?，陰火亢盛，從而形成?nèi)傷之病。故有“內(nèi)傷脾胃，百病由生”之說(shuō)。

朱丹溪?jiǎng)t更以善于治療內(nèi)傷雜病而著稱(chēng)，在闡述內(nèi)傷病因時(shí)，他充分借鑒了理學(xué)中的太極陰陽(yáng)思想，又將人體的體質(zhì)稟賦觀念引入到病因?qū)W當(dāng)中。他提出了“陽(yáng)有余陰不足論”，將內(nèi)傷諸病與人生的整個(gè)過(guò)程，生長(zhǎng)壯老的自然規(guī)律和攝生方法等聯(lián)系起來(lái)，加以全面考慮。朱氏認(rèn)為，人體生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程與視、聽(tīng)、言、動(dòng)等都需要陰氣供給，陰氣常處于“難成而易虧”的狀態(tài)。故在生理狀況下，人體已經(jīng)有“陽(yáng)常有余，陰常有余”、“氣常有余，血常不足”等情況存在，再加上“人之情欲無(wú)涯”，人心易受聲色犬馬的物欲所誘惑，若不知節(jié)制就會(huì)引起相火妄動(dòng)，會(huì)進(jìn)一步損傷陰精，導(dǎo)致陰精虛損的各種病變，甚則危及生命。此外，朱丹溪對(duì)情志因素導(dǎo)致的疾病也非常重視，他認(rèn)為情志怫郁，會(huì)導(dǎo)致氣機(jī)郁滯，從而引起各種病變，并創(chuàng)氣、血、痰、火、濕、食“六郁”之說(shuō)，它們既可單獨(dú)為病，又常相兼致病。一般來(lái)說(shuō)諸病皆以氣郁為先，若郁久則多化熱生火。故又有“百病皆生于郁”之說(shuō)。

除李、朱二人外，金元時(shí)期的其他著名醫(yī)家在“內(nèi)傷”病因與病機(jī)學(xué)方面，也做出了很多有益的探索，如王好古創(chuàng)“內(nèi)已伏陰”獨(dú)重陰證；羅天益反對(duì)濫用攻法，提出“脾胃一衰，何病不起”的論斷等。

“傷寒”與“雜病”的區(qū)分始于張仲景的《傷寒雜病論》，后由于其外感熱病六經(jīng)辨證體系引起人們廣泛重視，傷寒學(xué)說(shuō)日益繁盛，雜病論治則長(zhǎng)期被忽視。時(shí)至金元之前，尚未形成一種被普遍接受的雜病辨治體系，雖然雜病之中部分以邪氣盛為主的實(shí)證，也可借用治療外感傷寒熱病的辨治方法，用之得當(dāng)也同樣“其效如神”，但是雜病中也存在有以?xún)?nèi)傷正氣為主的虛證，以及虛實(shí)夾雜的證候，傷寒之法就難以奏效了，失治、誤治時(shí)有發(fā)生。因此，金元時(shí)期“內(nèi)傷”病因的發(fā)展，其最主要的意義在于它為內(nèi)傷雜病證治提供了一套完整、系統(tǒng)且行之有效的辨證治療體系，特別是為虛證的辨治指出了須從人體正氣著眼，而不以外邪立論的原則。這一進(jìn)步的影響非常深遠(yuǎn)，為中醫(yī)學(xué)的發(fā)展與轉(zhuǎn)型開(kāi)辟了新的方向。其后，以薛己、張景岳等人為代表的明代溫補(bǔ)學(xué)派，即深受李、朱等人的影響，開(kāi)創(chuàng)并發(fā)展了培腎固本等理論，使內(nèi)傷學(xué)說(shuō)得到更加成熟與完備的發(fā)展。