九色国产,午夜在线视频,新黄色网址,九九色综合,天天做夜夜做久久做狠狠,天天躁夜夜躁狠狠躁2021a,久久不卡一区二区三区

近日，由華大基因團(tuán)隊主導(dǎo)的對2個臍帶血樣本進(jìn)行10X Genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組研究的成果于5月正式在線發(fā)表，此項研究采用BGISEQ平臺測序，發(fā)現(xiàn)臍帶血細(xì)胞具有特有細(xì)胞類型，相對外周血細(xì)胞具有明顯異質(zhì)性，相關(guān)結(jié)果發(fā)表在GigaScience（影響因子4.668）。如此少的細(xì)胞樣本，竟能發(fā)高分文章？光環(huán)背后必然有過人之處，接下來科技君帶大家一起研究文章思路，一一揭秘。

圖1. 文章整體研究思路圖

?  樣本處理很成功

看似無奇的兩個臍帶血樣本，但是細(xì)胞分選前處理不易，每一步均需要快速穩(wěn)定處理，才能保證細(xì)胞活性，所以說，“根基”牢靠才是重中之重。

? 高通量細(xì)胞分選技術(shù) & 高性價比、高質(zhì)量DNBSEQ?測序技術(shù)

實現(xiàn)高效細(xì)胞分選，結(jié)合獨特的DNB納米球擴(kuò)增技術(shù)，讓測序更保真，低DUP rate無需額外去冗余。

?  信息分析深挖掘

不僅對細(xì)胞類型進(jìn)行鑒定，還與已有的外周血細(xì)胞數(shù)據(jù)一起對比分析，選擇數(shù)據(jù)庫已測數(shù)據(jù)聯(lián)合，性價比高又增分。

細(xì)胞亞群異質(zhì)性分析細(xì)致，多種類型，尤其是對免疫細(xì)胞以及特有細(xì)胞類型對比分析，凸顯臍帶血含有特異性免疫細(xì)胞；還包含對已有細(xì)胞類型進(jìn)行細(xì)胞發(fā)育擬時間序列分析，分層次揭示階段性的基因表達(dá)差異，科學(xué)故事演繹完整。

原來如此，那么主要研究結(jié)果有哪些呢？

采用Seurat軟件進(jìn)行細(xì)胞聚類，結(jié)果顯示：鑒定到11個細(xì)胞類型（圖2A），并對這11個主要的細(xì)胞類型的marker基因表達(dá)情況進(jìn)行熱圖分析(圖2B)。其中有核紅細(xì)胞和粒細(xì)胞為臍帶血中特有，在外周血中很少見。且兩類血液中各細(xì)胞類型除去T細(xì)胞，B細(xì)胞和CD14+細(xì)胞外，其他的類型細(xì)胞的比例差異較大，尤其是骨髓來源細(xì)胞，說明臍帶血具有特殊的免疫力。

圖2. 外周血和臍帶血不同細(xì)胞類型和比例

A. 二維對外周血和臍帶血細(xì)胞根據(jù)已知標(biāo)記進(jìn)行分類，左側(cè)圖為臍帶血細(xì)胞，右側(cè)圖為外周血細(xì)胞，對相同類型的細(xì)胞標(biāo)記相同的顏色

B. 臍帶血和外周血中主要的已知標(biāo)記的基因表達(dá)熱圖

C. 外周血樣本1/2 和臍帶血1/2細(xì)胞類型比例，使用相同的顏色（同分類A）標(biāo)記

對有核紅細(xì)胞的表達(dá)基因進(jìn)行擬時間序列分析，結(jié)果呈現(xiàn)一個線性軌跡，說明細(xì)胞極性是由基因表達(dá)的不斷變化引起的（圖3A）。

基因表達(dá)熱圖分析發(fā)現(xiàn)，這些基因如編碼紅細(xì)胞表面marker和蛋白，如 CD47, CD36, 血紅蛋白和血糖型蛋白，以及細(xì)胞穩(wěn)態(tài)調(diào)控因子等在不同的極性階段表達(dá)呈現(xiàn)顯著差異（圖3B，C），同時也驗證到基因表達(dá)量和UMI數(shù)量也隨著細(xì)胞極性發(fā)育而降低。

圖3. 臍帶血有核紅細(xì)胞呈現(xiàn)明顯的極性

A. 通過Monocle2軟件進(jìn)行臍帶血中的有核紅細(xì)胞發(fā)育時間軌跡分析

B. 編碼表面標(biāo)記基因表達(dá)分類根據(jù)時間點分為三個表達(dá)階段：原始階段，中間階段，成熟階段

C. 臍帶血有核紅細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子表達(dá)也可以分為三類表達(dá)階段：原始階段，中間階段，成熟階段

D. 在每一個細(xì)胞中檢測到UMI數(shù)和基因數(shù)表達(dá)散點圖，每個點代表一個細(xì)胞

臍帶血的祖細(xì)胞與造血干細(xì)胞呈現(xiàn)類似的轉(zhuǎn)錄本表達(dá)譜，但是在細(xì)胞聚類結(jié)果中顯示，通過更精細(xì)分類分析，發(fā)現(xiàn)臍帶血祖細(xì)胞有一類特殊細(xì)胞亞群，說明臍帶血祖細(xì)胞具有異質(zhì)性（圖4A.B），更有意思的是，另外一類亞群細(xì)胞僅來自臍帶血祖細(xì)胞（藍(lán)色點），且不表達(dá)造血干細(xì)胞的典型標(biāo)記基因（圖4C,4D）。

圖4. 臍帶血樣本祖細(xì)胞呈現(xiàn)異質(zhì)性特征

A. 臍帶血和造血干細(xì)胞通過基因表達(dá)結(jié)果進(jìn)行聚類，結(jié)果顯示，主要分兩大類，其中藍(lán)色代表臍帶中間體雙效細(xì)胞（ulBC），紅色代表造血干細(xì)胞（HSC）

B. 造血干細(xì)胞（HSCs）和中間體雙效細(xì)胞（uIBCs）群體進(jìn)行聚類

C. 祖細(xì)胞亞類基因表達(dá)熱圖分析

D. 兩類細(xì)胞的特征基因表達(dá)差異比較的小提琴圖

E. 兩類細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子富集圖

F. 兩類細(xì)胞特異性轉(zhuǎn)錄組因子小提琴圖

選擇免疫細(xì)胞類型-NK細(xì)胞和T細(xì)胞以及附近區(qū)域細(xì)胞研究其異質(zhì)性，結(jié)果顯示，外周血細(xì)胞和臍帶血細(xì)胞聚類成5個亞類（圖5）, 通過使用關(guān)鍵marker基因CD3D和KLRB1對細(xì)胞進(jìn)行聚類，發(fā)現(xiàn)：T和NK細(xì)胞在不同血液類型中呈現(xiàn)比較明顯的異質(zhì)性。

圖5. 在臍帶血和外周血中NKT細(xì)胞和NK細(xì)胞顯示功能異質(zhì)性

A-D. 臍帶血（右）和外周血（左）中所有NK細(xì)胞和T細(xì)胞進(jìn)行亞群分類。臍帶血和外周血均分為5大類（C/D）。黃色顯示CD3D的高表達(dá)；藍(lán)色表示KLRB1高表達(dá)細(xì)胞；紅色表示高度表達(dá)CD3D和KLRB1的細(xì)胞；灰色表示細(xì)胞不表達(dá)基因

E. 臍帶血和外周血中單細(xì)胞亞群中NK細(xì)胞和T細(xì)胞關(guān)鍵基因表達(dá)差異的小提琴圖（不同顏色代表不同亞群）

F. 臍帶血中含有GZMB+ NKT細(xì)胞和不含細(xì)胞毒素NKT細(xì)胞亞群表達(dá)基因差異的聚類熱圖

G. 臍帶血中含有GZMB+ NKT細(xì)胞和不含細(xì)胞毒素NKT細(xì)胞亞群表達(dá)基因GO功能富集分析

表1. 主要基本分析結(jié)果對比

（數(shù)據(jù)來源腫瘤細(xì)胞各1條lane測序數(shù)據(jù)）

圖6. BGISEQ-500平臺和H平臺細(xì)胞進(jìn)行降維分析-tSNE聚類分析，結(jié)果顯示，細(xì)胞分類結(jié)果趨勢一致性高

（紅色：BGISEQ-500平臺；藍(lán)綠色：H平臺）

基于10年的單細(xì)胞研究經(jīng)驗，華大科技已成功交付千例單細(xì)胞研究項目。現(xiàn)在，科研用戶足不出戶即可享受優(yōu)質(zhì)的10X Genomics上門建庫服務(wù)，讓珍稀臨床樣本研究成為科研新貴。

【參考文獻(xiàn)】

Zhao Y, Li X, et al. Single-cell transcriptomic landscape of nucleated cells in umbilical cord blood. GigaScience. 2019 May 1;8(5). giz047.  

doi: 10.1093/gigascience/giz047.