相信大家都做過(guò)基因的功能富集分析，小編前面也花了不少篇幅給大家介紹GO和KEGG富集分析
?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖
也給大家介紹了零代碼GO和KEGG富集分析以及可視化
1.基因富集工具DAVID介紹（一）-基因ID轉(zhuǎn)換
2.基因富集工具DAVID介紹（二）-KEGG富集分析
3.基因富集工具DAVID介紹（三）-零代碼展示KEGG富集結(jié)果
4.基因富集工具DAVID介紹（四）-GO富集分析及柱形圖展示
5.零代碼GO富集分析—柱形圖同時(shí)展示BP,MF,CC,KEGG
不知道大家有沒(méi)有做過(guò)miRNA的功能富集分析。一般傳統(tǒng)的做法是先預(yù)測(cè)miRNA的靶基因，然后把這些靶基因再拿去做GO和KEGG富集分析，把富集到的結(jié)果作為miRNA的功能注釋。這個(gè)方法同時(shí)也適用于lncRNA和circRNA的功能注釋。先找到lncRNA或者circRNA共表達(dá)的mRNA，然后去做功能富集分析，從而對(duì)lncRNA和circrRNA間接的做一個(gè)功能注釋。
前面小編也開了一個(gè)專欄，專門給大家介紹過(guò)miRNA靶基因預(yù)測(cè)
?miRNA數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介及miRNA靶基因批量預(yù)測(cè)
今天小編給大家介紹一個(gè)工具，可以直接對(duì)miRNA進(jìn)行功能注釋。這個(gè)工具叫做miEAA（https://ccb-compute2.cs.uni-saarland.de/mieaa2/）。其實(shí)前面小編也給大家介紹過(guò)這個(gè)工具的其中一個(gè)功能，MiRBase converter，用來(lái)對(duì)miRNA的名字進(jìn)行轉(zhuǎn)換
1.首先打開miEAA這個(gè)工具，選擇Run MiEAA
2.可以看到這個(gè)分析一共有五步，我們一步一步來(lái)看
step1. 選擇miRNA成熟體還是前體，一般我們應(yīng)該用miRNA來(lái)做分析。點(diǎn)擊Next
step2. 選擇分析的類型，這里支持兩種。一種是富集分析，一種是類似于GSEA的分析。前面也大家介紹過(guò)?基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)。這里我們選擇ORA分析，點(diǎn)擊Next。
step3. 選擇物種，并把要做分析的miRNA列表貼進(jìn)去。這里我們選人，然后將前面?R代碼TCGA差異表達(dá)分析得到的107個(gè)差異表達(dá)的miRNA貼進(jìn)去，點(diǎn)擊Next。
step 4. 上傳參考數(shù)據(jù)集，這個(gè)是可選的，可以空著。這個(gè)跟基因做富集分析的background gene set是一個(gè)概念。如果不設(shè)置，默認(rèn)會(huì)用所有的編碼蛋白的基因作為background。同理，如果這里不做設(shè)定，會(huì)用人的所有miRNA作為背景。我們這里空著，直接點(diǎn)Next。
step 5. 選擇要富集的類型，可以是KEGG，也可以是GO，或者是疾病等等。這里我們以KEGG為例。剩下的大家可以自己嘗試。使用FDR對(duì)P值進(jìn)行校正。只顯示FDR<0.05的結(jié)果，并且每一個(gè)條目中至少包含2個(gè)條目。
點(diǎn)擊提交之后會(huì)顯示
稍等片刻就會(huì)得到結(jié)果，我們來(lái)看看都可以得到什么樣的結(jié)果
1.富集分析表，可以直接下載為csv或者Excel
2.富集KEGG通路詞云圖，越顯著的KEGG通路字體越大
3.富集熱圖，每一行是一條KEGG通路，每一列是一個(gè)miRNA，顏色深淺表示富集P值的顯著性。
當(dāng)然，如果大家覺(jué)得這個(gè)圖不夠美觀，也可以自己用ggplot基于結(jié)果1中的富集分析表，自己來(lái)畫圖。
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