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癌癥研究數(shù)據(jù)庫(kù)推薦 | 腫瘤標(biāo)志物這樣找,事半功倍!

早期發(fā)現(xiàn)癌癥是對(duì)抗和控制日益增加的全球癌癥發(fā)病率和死亡率負(fù)擔(dān)的關(guān)鍵。使用循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA),循環(huán)腫瘤RNA(ctRNA),循環(huán)腫瘤細(xì)胞(CTC)和細(xì)胞外囊泡(EV)進(jìn)行基于血液的篩查在癌癥的早期檢測(cè)中顯示了前景。

來(lái)自中山大學(xué)的研究人員開發(fā)了BBCancer數(shù)據(jù)庫(kù),為開發(fā)基于血液的癌癥早期檢測(cè)生物標(biāo)志物提供最全面的數(shù)據(jù)資源。其相關(guān)研究成果已發(fā)表在《Nucleic acids research》。


BBCancer包含來(lái)自正常人和15種癌癥類型的7184個(gè)樣品的6種RNA分子表達(dá)數(shù)據(jù)(mRNAs/lncRNAs/miRNAs/circRNAs/tRFRNAs/piRNAs),其中包括5040個(gè)血液樣品,是目前用于癌癥生物標(biāo)志物研究的最大血液樣本數(shù)據(jù)資源。

為什么要構(gòu)建BBCancer?

缺乏基于血液的癌癥早期檢測(cè)

高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)庫(kù) 


來(lái)自癌癥患者的血液樣本的高通量基因表達(dá)譜分析為開發(fā)用于早期檢測(cè)癌癥的新生物標(biāo)志物提供了寶貴的資源。雖然相關(guān)研究團(tuán)隊(duì)已經(jīng)開發(fā)了一些數(shù)據(jù)庫(kù),比如EVpedia和exoRBase等。然而,對(duì)于基于血液的專門用于癌癥早期檢測(cè)的高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù),仍然缺乏一個(gè)全面的在線存儲(chǔ)庫(kù)。

BBCancer是一個(gè)web訪問的綜合開放資源,在當(dāng)前版本中,其包含來(lái)自正常人和15種癌癥類型(包括乳腺癌,卵巢交界性腫瘤,宮頸癌,結(jié)直腸癌,食道癌,胃癌,肝癌,肺癌,胰腺癌和前列腺癌)的7184個(gè)樣品的RNA表達(dá)數(shù)據(jù),其中包括5040個(gè)血液樣品。

BBCancer包括六種類型的RNA(19612個(gè)mRNA、10918個(gè)lncRNA、60306個(gè)circRNA、2568個(gè)miRNA、1231個(gè)piRNA和43459個(gè)tRFRNA)。

BBCancer中樣本/不同RNA類型基因統(tǒng)計(jì)信息

BBCancer能做什么?

檢索功能


為了便于研究作為早期癌癥檢測(cè)生物標(biāo)志物的RNA的潛在臨床意義,BBCancer提供了兩個(gè)功能模塊:基因表達(dá)豐度模塊和差異基因表達(dá)模塊,研究人員通過(guò)使用這兩個(gè)模塊可以在各種癌癥類型之間鑒定出具有潛在臨床意義的大量RNA。

  • 基因表達(dá)豐度模塊允許用戶評(píng)估不同癌癥類型的腫瘤和正常血液樣本中目標(biāo)RNA的表達(dá)水平。 

  • 差異基因表達(dá)模塊允許用戶探索腫瘤樣品與正常血液樣品之間目標(biāo)RNA的差異表達(dá)。

檢索功能示例

瀏覽功能


BBCancer整合了788個(gè)血液分子標(biāo)記,方便用戶探索多種腫瘤組織的基因表達(dá)模式。

瀏覽功能示例

下載功能


用戶可以從“下載”頁(yè)面下載數(shù)據(jù)庫(kù)中的所有數(shù)據(jù)。

下載功能頁(yè)面信息

“統(tǒng)計(jì)”模塊中提供了有關(guān)BBCancer中數(shù)據(jù)的詳細(xì)統(tǒng)計(jì)信息。

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