臨床樣本類(lèi)型：1）對(duì)臨床組織的直接蛋白質(zhì)組學(xué)研究越來(lái)越普遍，保存組織樣本的方法一般有新鮮冷凍（FF），福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）和最佳切割溫度嵌入等。從蛋白質(zhì)組覆蓋率的角度來(lái)看，F(xiàn)F是首選的保存方法，但FFPE組織已經(jīng)儲(chǔ)存了幾十年，為臨床蛋白質(zhì)組學(xué)提供了廣泛的臨床隨訪和寶貴的資源。組織樣本可以通過(guò)激光捕獲顯微切割（LCM）進(jìn)一步制備，以增加空間分辨率元素。2）非侵入性或微創(chuàng)方式（即液體活檢）獲得的臨床樣本是研究新生物標(biāo)志物的理想樣本。最常被分析的生物體液是血液（血漿、血清）和尿液，其他體液包括前列腺分泌物、唾液、眼淚、腦脊液（CSF）和腹水等。
臨床樣本制備：蛋白質(zhì)組學(xué)樣本制備尚無(wú)統(tǒng)一的方案，但應(yīng)根據(jù)蛋白質(zhì)組的復(fù)雜程度、樣品的可利用量和研究目標(biāo)對(duì)所選擇的策略進(jìn)行優(yōu)化/選擇。MS樣品制備的第一步包括從臨床樣品中分離和提取蛋白質(zhì)。這包括提取試劑，如不同的有機(jī)溶劑和洗滌劑，然后是組織破壞技術(shù)，如凍融循環(huán)、超聲或機(jī)械破壞，以最大限度地提高蛋白質(zhì)提取和溶解。最近開(kāi)發(fā)了不同的蛋白質(zhì)純化技術(shù)，如FASP, MStern，S?trap，SP3，iST等，減少了蛋白質(zhì)消化時(shí)間要求，并將樣品損失降至最低，提升整體操作效率。
質(zhì)譜配置及掃描模型：ESI依賴(lài)于成熟的反相納米LC技術(shù)或與毛細(xì)管電泳相結(jié)合，對(duì)基于發(fā)現(xiàn)的實(shí)驗(yàn)更為實(shí)用。正交肽分離技術(shù)在臨床蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的應(yīng)用越來(lái)越廣泛。為了提高蛋白質(zhì)組的覆蓋率，可以通過(guò)堿性反相液相色譜或強(qiáng)陽(yáng)離子交換色譜分離肽池。
大多數(shù)基于發(fā)現(xiàn)的臨床蛋白質(zhì)組學(xué)研究仍然使用基于數(shù)據(jù)依賴(lài)采集模式（DDA）識(shí)別潛在的生物標(biāo)志物或獲得生物學(xué)見(jiàn)解，目前臨床蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域正在向數(shù)據(jù)非依賴(lài)采集（DIA）轉(zhuǎn)變。
蛋白定量策略：一般來(lái)說(shuō)，相對(duì)定量策略用于基于發(fā)現(xiàn)的臨床蛋白質(zhì)組學(xué)。相對(duì)定量通常依賴(lài)于穩(wěn)定同位素標(biāo)記的使用，從而產(chǎn)生共價(jià)衍生肽，如SILAC，比較新的策略有TMT和iTRAQ。目標(biāo)蛋白被鑒定出來(lái)后就需要進(jìn)一步驗(yàn)證，雖然基于抗體的技術(shù)（如ELISA）履行了這一職責(zé)，但基于MS的靶向檢測(cè)非常適合于驗(yàn)證，尤其是在沒(méi)有合適的抗體可用的情況下，最常用的方法是多重反應(yīng)監(jiān)測(cè)（MRM）質(zhì)譜，新技術(shù)有平行反應(yīng)監(jiān)測(cè)（PRM）質(zhì)譜。
